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本會以維護溪流自然生態平衡，防止環境污染，確保溪流環境品質及水源安全，並提倡合理利用溪流自然資源，處進正當溪流活動為宗旨，章程中規定之任務如下：一、調查與研究溪流生物資源，改善魚類棲地，擬定合理利用方針與計畫；二、保育溪流原生生物；三、加強維護溪流環境，確保水質之潔淨與水源安全，協助政府消弭危害溪流生態之活動；四、宣導及出版溪流環境保育及教育事宜；五、協助推展正當溪流休閒活動；六、聯繫及促進國內外相關機構之交流與合作。
為推廣本會參與溪流環境保育之層面，將加強延攬業務相關之機關團體與熱心溪流環境保育工作之個人，成為本會會員。
目前本會接受行政院農業委員會等單位委託，辦理各項溪流環境與生態研究調查，推展溪流資源永續經營並參與各項社區教育，期能透過對溪流生物自然特性的知識，擬定合理的生物資源規劃原則，並加強政府、學術界與民間的協調與溝通，提升國內保育成效。
本會目前發行之溪流會訊，竭誠歡迎會員及溪友們踴躍提供溪流環境保育相關研究文稿、專論、工作心得及各地相關報導、溪流出版品介紹等稿件，以使本會會訊更加充實。
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